Pusat PERMATApintar Negara, UKM adalah sekolah berbakat pertama di Malaysia. Ditubuhkan pada 3hb April 2009, sekolah itu merupakan cetusan idea Datin Seri Rosmah Mansor, bekas isteri Perdana Menteri Malaysia, seawal tahun 2006.[4][8] Beliau mahukan program pendidikan untuk pelajar berbakat selepas melawat sekolah berbakat di pelbagai negara. Untuk merealisasikan program ini, satu siri perbincangan dengan pakar-pakar tempatan dan asing diadakan untuk menjalankan program yang sesuai untuk Malaysia.[4]

Kertas kerja PERMATApintar kemudian diluluskan oleh Mantan Perdana Menteri Malaysia, Dato' Seri Mohd Najib bin Abdul Razak pada tahun 2008. Universiti Kebangsaan Malaysia telah dilantik untuk melaksanakan program ini dengan dana yang dikeluarkan dari Bahagian PERMATA Jabatan Perdana Menteri. Satu perjanjian telah dibuat di Kuala Lumpur pada April 2009 dengan Johns Hopkins University - Center For Talented Youth untuk membantu memulakan program.[4]

Pada Januari 2010, Universiti Kebangsaan Malaysia memberikan kepada kerajaan tanah seluas 22 ekar (89,000 m2) yang terletak di Bukit Puteri untuk membina kompleks PERMATApintar.[4][9] Pengarah pertama dan penyandangnya ialah Prof Datuk Dr Noriah Mohd. Ishak. Pembinaan terbahagi kepada dua fasa. Pembinaan Fasa 1 bermula pada awal 2010 dan selesai pada akhir tahun 2010 dengan peruntukan sebanyak RM23 juta.[10] Fasa kedua dibina sebaik sahaja penyiapan fasa pertama pada Februari 2011 dengan peruntukan sebanyak RM54 juta.[11] Pembinaan fasa kedua selesai pada Disember 2011.[10] Kumpulan pertama pelajar Tahap 1 memulakan pengajian mereka di Pusat PERMATApintar Negara pada Januari 2011.[12]

Pada 2013, fasa ketiga pembinaan bermula pada bulan April 2013 yang dibiayai sepenuhnya oleh Yayasan Al-Bukhary. Pembinaan itu melibatkan auditorium dan pusat sukan. Pembinaan selesai pada Oktober 2014. [10]

Pada tahun 2014, PERMATApintar mula menerima kumpulan pertama pelajar Asas 1, berumur 12 dan 13 tahun, yang akan belajar di PERMATApintar selama lima tahun.[13]

Pada tahun 2018, Pusat Kecemerlangan Kebangsaan PERMATApintar telah dipindahkan ke Sektor Pengurusan PERMATA, Bahagian Pengurusan Sekolah, Kementerian Pendidikan Malaysia daripada Bahagian PERMATA, Jabatan Perdana Menteri selepas Pakatan Harapan memenangi Pilihan Raya Umum ke-14.[14][15]